Emre Can, futbola doğduğu şehrin takımlarından SV Blau-Gelb Frankfurt'ta start verip sonra o şehrin en büyük takımı olan Eintracht Frankfurt'un altyapısına transfer oldu. 2009 yılında ise Almanya'nın en büyük kulüplerinden Bayern München'e transfer oldu. 2009-2010 arasında rotasyon olarak Bayern Münih'in U-17 ve U-19 takımlarında forma şansı buldu. U-17 takımında iki sezonda 25 maçta 2 gol, daha 16 yaşındayken oynamaya başladığı U-19 takımında ise 18 maçta 2 gol kaydetti.

2011'de 17 yaşındayken Bayern Münih II takımına yükseldi. Burada profesyonel futbolla tanışmış oldu. İlk sezonunda takımın en genç ikinci futbolcusuydu. Almanya dördüncü ligi olan Regionalliga'da ilk maçına 27 Ağustos 2011'de SV Waldhof Mannheim karşısında çıktı.

Emre Can, ilk kez 2011-2012 sezonu devre arasında A takım ile birlikte antrenmanlara çıktı. Bayern Münih'in UEFA Şampiyonlar Ligi kadrosunda da yer aldı ancak sadece Basel maçında kadroya girdi. Bu maçtan 4 gün sonra ise ilk kez lig maçında ilk 18'e girse de forma şansı bulamadı.

12 Ağustos 2012'de Almanya Süper Kupası maçında Borussia Dortmund karşısında ilk 11'de sahaya sürülerek, ilk kez Bayern forması giydi. 70 dakika sahada kalan futbolcu, ilk kupasını bu maç sonunda kaldırdı. Almanya Kupası'nın ilk iki turunda 90 dakikada sahada kalan genç futbolcu, ligde ve Avrupa'da ilk 18'e girse de forma şansı bulamadı.

Emre Can, Almanya U-15 takımında bir maçta forma giymiştir. U-16 ile 8 maçta 2 gol kaydetti. 2010'dan beri Almanya U-17 forması giyen futbolcu, 2011 Avrupa 17 Yaş Altı Futbol Şampiyonası'nda takım kaptanı olarak sahada yer aldı. 5 maçta da 90 dakika forma giyen futbolcu, Avrupa ikinciliği yaşadı.

Bu sonuç ile aynı sene düzenlenen FIFA 17 Yaş Altı Dünya Kupası kadrosuna da dahil oldu. Yarı finale kadar bütün maçlarda forma giymiştir. Yarı finalde Meksika ile oynadıkları maçta bir gol atıp, bir asist yaptı. Ancak 74. dakikada sakatlanıp oyundan çıkmak zorunda kaldı. Son dakikada yedikleri golle elenirlerken,Emre Can maç bitimde sarı kart gördü. Üçüncülük maçında 90+5'inci dakikada oyuna alınıp, bütün maçlarda oynamış oldu. Turnuva sonunda Dünya üçüncüsü oldular. Bu turnuvalardaki başarılarından dolayı Fritz Walter ödüllerinde altın madalyayı kazanan isim oldu.25 Mayıs 2012'den itibaren Almanya'nın U-19 milli takımında forma giyiyor.



2012-2013 sezonunda Şampiyonlar ligi kupasını kazanan Bayern München takımının kadrosunda yer alan Emre Can, kupa töreninde dikkatleri çekmişti. Ayrıca Şampiyonlar Ligi kupasını kaldıran ilk Türk futbolcu oldu.